Masjid Pemuda Alfatih di-inisiasi oleh Yayasan An-Naajiya, sebuah yayasan yang bergerak di bidang sosial, pendidikan dan dakwah yang berbasis di Sumatera Barat, 

Berdiri pada tahun 2007, Yayasan An-Naajiya sudah melakukan berbagai kegiatan seperti dalam bidang dakwah, Yayasan sudah menyelenggarakan berbagai program dakwah seperti daurah, tabligh akbar, kelas-kelas persiapan da’i, pengajaran Al-Qur’an dan juga Yayasan mengelola media dakwah Naajiya TV dan Radio Pasaman FM

Dan dalam bidang pendidikan, yayasan mengelola sekolah yang dimulai dari PAUD hingga Sekolah Menengah Atas dan Ma’had ‘Aly (Sekolah Tinggi)

Dan di sosial, Yayasan sudah menyelenggarakan berbagai kegiatan seperti; bakti sosial, khitanan massal, bantuan kepada fakir miskin, korban bencana dan ZISWAF (Zakat, Infak Sedekah)

Pembina Yayasan : Ustadz DR Ali Musri Semjan Putra MA
Ketua Yayasan : Ustadz Abu Ziyad Desman MA